|
|
Analýza DNA Lactobacillus s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy
Aksamitová, Dagmar ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
K rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Lactobacillus, které jsou významnou součástí běžné gastrointestinální mikroflóry a fermentovaných mléčných výrobků, jsou v současné době využívány především amplifikační metody. Cílem práce bylo analyzovat možnost rozlišení vybraných bakteriálních kmenů rodu Lactobacillus pomocí metody polymerázové řetězové reakce v reálném čase v kombinaci s vysokorozlišovací analýzou křivek tání (qPCR-HRM). Celkem bylo testováno 5 primerů navržených pro qPCR HRM analýzu bakterií mléčného kvašení. Specifita použitých primerů byla současně ověřena i pomocí bioinformatické analýzy. Na základě analýzy DNA byly pro rozlišení testovaných kmenů rodu Lactobacillus jako nejvhodnější vybrány primery P1V1/P2V2, V3F/V3R a V6F/V6R. Vhodnost primerů V3F/V3R a V6F/V6R byla ověřena i na komplexním vzorku doplňku stravy, ze kterého byla DNA izolována pomocí magnetických částic. U DNA z těchto vyizolovaných buněk byla provedena vysokorozlišovací analýza křivek tání, pomocí které byla prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus. Získané výsledky se shodovaly s údaji uvedenými výrobcem.
|
|
|
Měření viability buněk
Prokopyeva, Elena ; Sekora, Jiří (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá způsoby určování životaschopnosti buněk a jejího měřením. V první části práce je stručný úvod do teorie životaschopnosti buněk, jsou popsány metody měření buněčné viability a typy fluorescenčních sond. Dále práce obsahuje stručný popis metod obrazového zpracování, je popsán fluorescenční mikroskop a použité filtry. V praktické části je popsán systém realizováný v grafickém programovacím prostředí LabVIEW pro vyhodnocení viability buněk, jsou vysvětleny funkce jednotlivých použitých bloků, program je ověřen na modelových datech.
|
|
|
Vyhodnocení viability u kultivovaných mezenchymálních buněk
Jehličková, Jana ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá možnostmi určení viability buněk a jejího vyhodnocení. Teoreticky popisuje kultivaci buněk, různé metody značení vhodnými barvivy a možnosti zobrazení. V praktické části je uvedena příprava pozorovaného vzorku a ukázány příklady obrazů buněk vytvořené konfokálním mikroskopem. Dále je vytvořen algoritmus pro analýzu dat v prostředí programu Matlab. Pro nastavení vhodných parametrů k analýze je vytvořeno uživatelské rozhraní.
|
|
|
Vyhodnocení viability u kultivovaných mezenchymálních buněk
Jehličková, Jana ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá možnostmi určení viability buněk a jejího vyhodnocení. Teoreticky popisuje kultivaci buněk, různé metody značení vhodnými barvivy a možnosti zobrazení. V praktické části je uvedena příprava pozorovaného vzorku a ukázány příklady obrazů buněk vytvořené konfokálním mikroskopem. Dále je vytvořen algoritmus pro analýzu dat v prostředí programu Matlab. Pro nastavení vhodných parametrů k analýze je vytvořeno uživatelské rozhraní.
|
|
|
Analýza DNA Lactobacillus s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy
Aksamitová, Dagmar ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
K rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Lactobacillus, které jsou významnou součástí běžné gastrointestinální mikroflóry a fermentovaných mléčných výrobků, jsou v současné době využívány především amplifikační metody. Cílem práce bylo analyzovat možnost rozlišení vybraných bakteriálních kmenů rodu Lactobacillus pomocí metody polymerázové řetězové reakce v reálném čase v kombinaci s vysokorozlišovací analýzou křivek tání (qPCR-HRM). Celkem bylo testováno 5 primerů navržených pro qPCR HRM analýzu bakterií mléčného kvašení. Specifita použitých primerů byla současně ověřena i pomocí bioinformatické analýzy. Na základě analýzy DNA byly pro rozlišení testovaných kmenů rodu Lactobacillus jako nejvhodnější vybrány primery P1V1/P2V2, V3F/V3R a V6F/V6R. Vhodnost primerů V3F/V3R a V6F/V6R byla ověřena i na komplexním vzorku doplňku stravy, ze kterého byla DNA izolována pomocí magnetických částic. U DNA z těchto vyizolovaných buněk byla provedena vysokorozlišovací analýza křivek tání, pomocí které byla prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus. Získané výsledky se shodovaly s údaji uvedenými výrobcem.
|
|
|
Měření viability buněk
Prokopyeva, Elena ; Sekora, Jiří (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá způsoby určování životaschopnosti buněk a jejího měřením. V první části práce je stručný úvod do teorie životaschopnosti buněk, jsou popsány metody měření buněčné viability a typy fluorescenčních sond. Dále práce obsahuje stručný popis metod obrazového zpracování, je popsán fluorescenční mikroskop a použité filtry. V praktické části je popsán systém realizováný v grafickém programovacím prostředí LabVIEW pro vyhodnocení viability buněk, jsou vysvětleny funkce jednotlivých použitých bloků, program je ověřen na modelových datech.
|
|
| |
host ::
RSS.